Вскоре губернатором Чили стал
Гарсия Хуртадо де Мендоза, который начал безжалостоное преследование индейцев мапуче. По его приказу Франческо де Виллагра начал военный поход против индейцев. 26 февраля
1554 года испанцы потерпели сокрушительное поражение в битве при Марикуэнью. После этого мапуче удалось разрушить значительную часть испанских поселений. После того как пал Консепсион, мапуче двинулись в
1555 году на Сантьяго де Чили. Однако же после разгрома крепости
Петероа индейцы неожиданно прекратили наступательные действия, предполагая, что испанцы предпримут массивное контрнаступление. Комменданту крепости Империал Педро де Виллаграну удалось в результате неожиданного для индейцев ночного наступления убить предводителя мапуче Лаутаро 1 августа
1557 года.
Описанием военных походов 1557—1559 годов своего начальника Гарсиа Хуртадо де Мендоза должен был заняться испанский писатель Алонсо де Эрчилья и Цуньига. Однако в своём романе «Ла Араукана» писатель представил произошедшие события совершенно иначе, чем ожидал от него генерал: он клеймил жестокость конкистадоров и порицал их их жажду власти и золота и выставлял на передний план героизм и мужество местных жителей араука. Центральным персонажем романа стал главарь мапуче Кауполитан, который был жестоко убит в 1558 году испанцами.
16 декабря
1575 года Валдавию потрясло очень сильное землетрясение, сила которого соразмерна с одним из самых крупных известных землетрясений 22 мая 1960 года. Землетрясение вызвало земляные оползни, которые преградили исток озера Риньихуе. Четыре месяца спустя, после того как под напором воды прорвалась образовавшаяся в результате оползней дамба, город был затоплен. Администратор города и хронист Чили Педро Мариньо де Лобера оказал значительную поддержку в воссоздании города и помощи жертвам катастрофы.
В 1597 году военным предводителем мапуче был избран Пелентаро, который развернул массивные наступления на города Валдавия и Осорно, а также на многие другие города вблизи Араукании. В
1599 году Валдавия была захвачена мапуче, после чего испанцы потеряли власть над городом на несколько десятилетий. Губернатору
Альфонсо де Рибера пришлось отвести испанские войска за реку Био Био. В 1641 года между испанцами и мапуче был заключен Куиллинский мирный договор, согласно которому граница проходила по реке
Био Био. Но мирный договор продержался всего лишь несколько лет. Испанцы предпринимали постоянные попытки отвоевать потерянные территории, однако их попытки большими успехами не увенчались. В
1770 году испанская армия была наголову разбита пуенчами и различными отрядами мапуче. Только более чем через 100 лет чилийцким и аргентинским войскам в 1881 году снова удалось отвоевать территории мапуче и пехуенче. Этот 300-летний конфликт называют войной Арауко. Отголоски конфликта ощутимы и по сей день. В 2000 году группа мапуче захватила бюро Европейского союза в Сантяго де Чили в знак протеста против подела земли.